Od hrvatske samostalnosti središnje tijelo za obavljanje poslova nacionalne sigurnosti bio je Ured za zaštitu ustavnog poretka (UZUP) koji je osnovan 27. svibnja 1991. UZUP je prestao s radom 21. ožujka 1993. kada se osniva Ured za nacionalnu sigurnost (UNS). UNS je u zakonski okvir stavljen donošenjem Zakona o Uredu za nacionalnu sigurnost 17. svibnja 1995.

Ciljeve i zadaće obavještajne zajednice određivao je Stožerni odbor nacionalne sigurnosti (SONS) i Koordinacijski odbor obavještajne zajednice (KOOZ). Zadaća SONS-a bila je usmjeravanje i usklađivanje rada državnih ministarstava u obavljanju poslova nacionalne sigurnosti, dok je KOOZ bio odgovoran za provedbu zadaća dobivenih od SONS-a.

Jezgru obavještajne zajednice činile su četiri službe koje su se bavile obavještajnim radom:

• Hrvatska izvještajna služba (HIS)

• Služba za zaštitu ustavnog poretka MUP-a RH (SZUP)

• Sigurnosno-informativna služba Ministarstva obrane RH (SIS) 

• Obavještajna uprava Glavnog stožera Oružanih snaga RH (ObU GSOSRH)

Predsjednik Republike davao je smjernice rada UNS-u i obavještajnoj zajednici Republike Hrvatske (RH). Predstojnik UNS-a i državni ministri određivali su zadaće službama za koje su bili odgovorni. Osim UNS-a i službi, širi krug sigurnosnog sustava činile su i kriminalistička policija, vojna policija, carinska služba, financijska policija, čiji su se predstavnici mogli pozvati na sjednice KOOZ-a.

Zakonom o sigurnosnim službama RH iz 2002. godine osnovane su tri sigurnosne službe:

• Obavještajna agencija (OA)

• Protuobavještajna agencija (POA)

• Vojna sigurnosna agencija (VSA)

Radi ostvarivanja suradnje Predsjednika Republike i Vlade RH u usmjeravanju rada sigurnosnih službi, osnovano je Vijeće za nacionalnu sigurnost (VNS), a radi operativnog usklađivanja rada sigurnosnih službi, Savjet za koordinaciju sigurnosnih službi.

Donošenjem Zakona o sigurnosno-obavještajnom sustavu RH 2006. godine, OA i POA spajaju se u jedinstvenu Sigurnosno-obavještajnu agenciju (SOA).