Zaštita od terorizma jedno je od temeljnih pitanja nacionalne sigurnosti, ali i sigurnosti saveznika i partnera RH. SOA je, zajedno s ostalim sastavnicama sigurnosno-obavještajnog sustava, odgovorna za prevenciju i suzbijanje terorizma u RH. To znači sprječavanje mogućih terorističkih napada na RH i njezine građane, ali i preventivne aktivnosti kako netko od hrvatskih građana ne bi sudjelovao kao izvršitelj ili pomagač u terorističkom napadu. SOA, stoga, istražuje aktivnosti osoba i skupina koje financiraju, planiraju, podržavaju, pripremaju, organiziraju ili provode terorističke aktivnosti.

Uz to, SOA radi na sprječavanju da se teritorij RH iskoristi kao baza za novačenje, logističku potporu, financiranje ili planiranje terorističkih aktivnosti i napada. Primjerice, RH i njezino okruženje mogu biti zanimljivi terorističkim skupinama zbog naoružanja, eksploziva i vojne opreme zaostalog iz rata.

Prevencija i suzbijanje terorizma vrlo je složena zadaća. Činjenica da se teroristički napadi događaju i u najrazvijenijim državama, unatoč korištenju najmodernijih metoda, govori o složenosti ovog izazova. Njega dodatno usložnjava pojava tzv. „vukova samotnjaka“, odnosno osoba koji su spremne i sposobne izvršiti terorističke napade, a koje je vrlo teško prepoznati jer nisu povezani s terorističkim skupinama, ne obznanjuju svoje planove, nemaju kriminalnu prošlost i slično. Ovi slučajevi pokazuju važnost suradnje SOA-e s ostalim državnim tijelima u prepoznavanju pojedinaca koji se radikaliziraju i mogu iskazivati potencijal i namjeru za provedbu terorističkih napada.

Suvremeni terorizam nije omeđen nacionalnim granicama, a u uvjetima globalizacije protuterorističke aktivnosti imaju međunarodni karakter i podrazumijevaju dnevnu suradnju sa stranim partnerskim službama.