Samostalno ili u koordinaciji s drugim nadležnim tijelima u RH (DORH, MUP, VSOA) SOA prikuplja podatke i dokumentaciju u svrhu utvrđivanja okolnosti počinjenja ratnih zločina za vrijeme Domovinskog rata. Posebni se napori ulažu u identifikaciji počinitelja ratnih zločina, bilo da se radi o neposrednim izvršiteljima ili odgovornima po zapovjednoj liniji. Nastoje se identificirati i osobe koje bi u istražnom i pravosudnom procesu mogle biti svjedoci.

Od posebnog značaja su aktivnosti SOA-e na utvrđivanju lokacija pojedinačnih i masovnih grobnica, odnosno, mjesta ukopa posmrtnih ostataka žrtava ratnih zločina. SOA samostalno ili u koordinaciji s drugim tijelima u RH (Ministarstvo branitelja, MUP, VSOA) prikuplja podatke o mjestima ukopa posmrtnih ostataka osoba nestalih tijekom Domovinskog rata, podatke o osobama koje su sudjelovale u pokapanju/dislociranju kao i podatke o osobama koje raspolažu takvim saznanjima. Znatan je doprinos SOA-e na utvrđivanju točnog statusa osoba koje se prema podatcima Ministarstva branitelja i Međunarodnog Crvenog križa vode kao nestale.

Aktivnosti SOA-e usmjerene su i na utvrđivanje mjesta boravka osoba za kojima je RH raspisala tjeralice i nalaze se u bijegu od kaznene odgovornosti, a u cilju njihovog procesuiranja pred pravosudnim tijelima.