Jedna od zadaća SOA-e je i zaštita gospodarskog sustava pa je SOA uključena u prikupljanje i analizu podataka iz područja gospodarstva o temama koje mogu imati utjecaj na nacionalnu sigurnost i gospodarske interese Republike Hrvatske.

Kao što je potvrdila Strategija nacionalne sigurnosti, gospodarska sigurnost važan je dio nacionalne sigurnosti jer utječe na suverenitet, zaštitu nacionalnih resursa i strateških sektora, kvalitetu života stanovništva te na političku i socijalnu stabilnost.

Pri tome je osobito važna zaštita gospodarskog sustava u strateški važnim gospodarskim sektorima i kompanijama. Stoga SOA prati stanje u njima s ciljem zaštite hrvatskih gospodarskih interesa.

SOA prati sigurnosne, gospodarske i financijske procese koji mogu utjecati na pozicioniranje hrvatskih gospodarskih subjekata u inozemstvu, kao i procese i aktivnosti koje bi mogle ugrožavati sigurnost hrvatskih gospodarskih subjekata, poglavito u nestabilnim područjima svijeta.