Svoje djelovanje SOA usmjerava prema onim područjima koja su u strateškim i upravljačkim dokumentima identificirana kao bitna za nacionalnu sigurnost i interese. Riječ je o dokumentima poput Strategije nacionalne sigurnosti, Nacionalne strategije za prevenciju i suzbijanje terorizma i Godišnjih smjernica za rad sigurnosno-obavještajnih agencija.

Ovim dokumentima SOA dobiva smjernice djelovanja i ciljeve koje treba ostvariti. Na temelju njih planira i izvršava svoje zadaće. O svojim saznanjima SOA povratno izvješćuje korisnike.

SOA prikuplja i analizira relevantne podatke potrebne za donošenje odluka u zaštiti nacionalne sigurnosti i interesa RH unutar državnih granica ali i izvan njih.